Desenvolvimento in sílico de método diagnóstico multiplex para pneumonias

Resumen

Objetivo: este estudo propõe o desenho e a validação in silico de primers para PCR quantitativo multiplex, visando à detecção rápida de genes de resistência. Métodos: as sequências de genes de resistência foram obtidas do NCBI e alinhadas no ClustalW para identificar regiões conservadas. Os primers e probes foram desenhados no OligoArchitect™ Online e avaliados pelo OligoAnalyzer da IDT para evitar estruturas secundárias. Resultados: os genes blaSHV e ermA foram selecionados como alvos, com GAPDH como controle interno. Os primers e probes apresentaram variações estruturais, com diferenças em Tm e ΔG. Algumas sequências, como ermA-F e ermA-R, mostraram valores próximos ao limite inferior de GC, enquanto blaSHV-R apresentou múltiplas formações em hairpin. A análise de multiplexação revelou interações cruzadas, com ΔG variando de -0,2 a -7,2 kcal/mol, indicando estabilidade variável. Conclusão: os primers e probes projetados apresentaram bons índices de GC, Tm e energia livre de Gibbs, sugerindo potencial para diagnóstico molecular. No entanto, testes experimentais são necessários para confirmar sua eficácia em qPCR multiplex.